Do roku 1909 sa obec volala Biskupice - Püspöki, v roku 1912 dostala prívlastok Bratislavské Biskupice, po maďarsky Pozsonypüspöki, od roku 1928 Biskupice pri Dunaji a od roku 1944 sa obec volá Podunajské Biskupice.

Územie obce osídlili prví obyvatelia pravdepodobne ešte v čase Rímskej ríše. Svedčí o tom rímsky míľnik datovaný z Biskupíc, otesané kamene s latinským nápisom, zabudované v štítovej stene farského kostola sv. Mikuláša a tehly a škridly s pečiatkou vojenského tábora Rimanov.
Miesto malo už v dávnej histórii mimoriadny strategický význam. Viedla tadeto tzv. Jantárová cesta, po ktorej sa v mierových časoch prevážal tovar, vo vojnových časoch tade tiahli vojská. Strategické miesto Biskupíc určovali tri dôležité prechody cez dunajské ramená: smerom na Rusovce, na Viedeň a na Prievoz do Bratislavy a cez Vrakuňu smerom na Trnavu.

Sedemsto osemdesiate výročie sa viaže na prvú písomnú zmienku o kostole sv. Mikuláša z roku 1221. Vieme však, že tu stál aj starší kostol. Už v roku 836, na sklonku Avarskej ríše, keď Avari prijali kresťanstvo. Na mieste dnešných Podunajských Biskupíc sa nachádzal Kirchbach, centrum avarskej provincie Vetvár, so sídlom avarských biskupov. Je veľmi pravdepodobné, že aj názov Biskupice pochádza ešte z tohto obdobia. Po vytvorení Ostrihomského arcibiskupstva územie prešlo do jeho majetku, kde zostalo až do roku 1912.

Zo strategickej polohy Biskupíc vyplýva aj osud ich obyvateľov. V časoch mierových sa vzmáhali, bohatli, počas vojen boli plienení, odvlečení. Po poslednom takomto plienení a kurucko-labantských bojoch prišla do Biskupíc silná kolónia saských Nemcov.